HIPMI Tax Center di pimpin oleh seorang Ketua di dampingi oleh empat Wakil Ketua, seorang Sekretaris beserta tiga Wakil Sekretaris dan seorang Bendahara didampingi oleh satu wakil.

Selain itu juga terdapat anggota kepengurusan di masing-masing empat bidang kegiatan HIPMI Tax Center. Kepengurusan HIPMI Tax Center mempunyai periode waktu selama tiga tahun dalam masa kepengurusannya.